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一、蛋白质相互作用的重要性
蛋白质相互作用在生命活动中起着至关重要的作用。蛋白质与蛋白质之间的相互作用构成了细胞生化反应网络的一个主要组成部分，对调控细胞及其信号有重要意义。
蛋白质是生命的物质基础，是有机大分子，是构成细胞的基本有机物，是生命活动的主要承担者。而蛋白质之间的相互作用更是维持其功能和调控生命过程中必不可少的因素之一。例如，酶的催化活性就是由酶的 3D 结构所决定的，而这种结构往往是通过蛋白质之间的相互作用形成的。在其他生命活动中，如神经传递、信号转导和基因调控中，还涉及了蛋白质 - 核酸和蛋白质 - 脂质的相互作用。
蛋白质相互作用在医学中的应用也非常广泛。蛋白质相互作用调控了一系列疾病的发生发展过程，如癌症的转移和二型糖尿病的发生。因此，对蛋白质相互作用的研究可以为医学提供更有效的治疗方法。以药物研发为例，研究人员通常会利用蛋白质结晶学的技术来研究蛋白质与药物的相互作用，通过 X 射线晶体衍射技术来测定分子的 3D 结构，以便确定药物如何与蛋白质相互作用并调控生物分子的功能。现代药物研发大量使用高通量筛选技术，可以在大规模和高效的实验条件下，筛选出许多具有特定结构和功能的化合物，用于治疗各种疾病。
蛋白质相互作用在生物技术中同样有着重要的应用。例如，噬菌体展示技术是研究功能基因组和蛋白质与蛋白质间相互作用的一项比较成熟的生物技术。该技术能够把基因型和表现型有效的结合起来，为蛋白质分子之间的相互作用提供理论依据。
总之，蛋白质相互作用在生命活动中具有极其重要的地位，对其进行深入研究将有助于我们更好地理解生命过程，为疾病治疗和新药研发提供新的思路和方法。
二、常见的蛋白质相互作用研究方法
（一）酵母双杂交系统
基本原理：酵母双杂交系统是基于真核生物转录激活因子通常具有可分割的 DNA 特异结合域（BD）与转录激活域（AD）。当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白的 BD 结合于报告基因的启动子，通过待测蛋白的桥梁作用使 AD 与 BD 形成一个完整的转录激活因子，启动报告基因在酵母细胞内的表达。
应用及发展：酵母双杂交系统主要应用在检验一对功能已知蛋白间的相互作用、研究一对蛋白间发生相互作用所必需的结构域、用已知功能的蛋白基因筛选双杂交 cDNA 文库以研究蛋白质之间相互作用的传递途径以及分析新基因的生物学功能等方面。此外，还发展了单杂交系统、三杂交系统和反向杂交系统等，也可用于蛋白质的鉴定。
（二）噬菌体展示技术
基本原理：将单克隆抗体的 DNA 序列连接到噬菌体外壳上，在噬菌体生长时表面表达相应抗体，与目的蛋白特异性结合。具体来说，丝状噬菌体是单链 DNA 病毒，PⅢ 是病毒的次要外壳蛋白，可在其信号肽（SgⅢ）和 N1 之间或直接与 CT 结构域相连插入外源序列；PⅧ 是丝状噬菌体的主要外壳蛋白，其 N 端附近可融合五肽；此外还有 PⅥ 展示系统等。
优点：和杂交瘤技术相比，噬菌体展示技术不仅适合大规模抗体生产，还可改变抗体品质，筛选周期短、操作简单、应用范围广，可用于抗体人源化操作等。同时，重组抗体具有高特异性和高亲和力，可用于多种诊断平台中快速准确地识别样本中的目标抗原。
（三）等离子共振技术
基本原理：利用纳米级薄膜吸附 “诱饵蛋白”，待测蛋白与之结合后薄膜共振性质改变，以此判断结合情况。具体来说，当光在棱镜与金属膜表面发生全反射现象时，会形成消逝波，若消逝波与存在于介质中的等离子波相遇，且表面等离子波和消逝发生共振，则会大幅度地减弱检测到的反射光强，能量由光子往表面等离子转移，通过检测 SPR 角度变化，获得被分析物的浓度、亲和力、动力学常数和特异性等信息。
优点：无需标记物或染料，反应过程可实时监控，测定快速安全，可检测多种生物大分子之间的相互作用。应用领域包括生命科学、食品安全、环境检测、生物医学等，可用于毒素和抗生素快速检测、蛋白质组学、药物筛选及相关药物动力学实时检测、生物分子特殊肽段及相关偶合分子的检测、病毒及致病分子蛋白及受体研究、分子识别、免疫调节、免疫测定等。
（四）荧光能量转移技术
基本原理：利用荧光共振能量转移研究分子间距离及其相互作用，结合荧光显微镜可定量获取生物活体内多种分子的时空信息。
优点：提出了定量测量方法，简单快速，可实时定量测量效率和距离。
（五）抗体与蛋白质阵列技术
基本原理：利用微型化、集成化、高通量化的抗体芯片研究不同生理状态下蛋白水平的量变。
应用：部分抗体芯片已向临床应用发展，在多个领域得到应用。
（六）免疫共沉淀技术
基本原理：在细胞裂解液中加入抗兴趣蛋白的抗体，孵育后加入与抗体特异结合的物质，分离出复合物，通过 Western blotting 法检测目的蛋白。
优缺点：优点是得到的目的蛋白符合体内实际情况可信度高，实验条件温和，可避免人为的影响，可分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。缺点是可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用；两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者起桥梁作用；必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。
（七）Pull-down 技术
基本原理：用固相化、已标记的饵蛋白从细胞裂解液中钓出与之相互作用的蛋白，确定蛋白间相互作用关系。
实验步骤：包括细胞裂解液的制备、以细胞裂解液为猎物和以纯化蛋白为猎物的 Pull down 试验以及 SDS-PAGE 及蛋白组分分析。
（八）其他方法
凝胶阻滞实验、DNase1 足迹实验、甲基化干扰实验、体内足迹实验、拉下实验等研究 DNA - 蛋白质相互作用的实验方法。
核酸适体技术、生物信息学方法、蛋白质芯片技术以及纳米技术等研究蛋白质 / 核酸相互作用的新技术。
三、总结
蛋白质相互作用的研究方法多种多样，各有优缺点，科研人员可根据实际情况选择合适的方法进行研究。
酵母双杂交系统基于真核生物转录激活因子的可分割特性，在检验已知蛋白间相互作用、研究蛋白结构域、筛选 cDNA 文库及分析新基因功能等方面有广泛应用，且发展出单杂交、三杂交和反向杂交等系统。但该方法可能出现假阳性，且融合蛋白可能影响蛋白真实结构和功能，不利于核外蛋白研究。
噬菌体展示技术将单克隆抗体 DNA 序列连接到噬菌体外壳，可大规模生产抗体且改变抗体品质，筛选周期短、操作简单、应用范围广。但存在表位附加标记可能使融合蛋白不稳定、改变或丧失功能的风险。
等离子共振技术利用纳米级薄膜吸附 “诱饵蛋白”，通过检测薄膜共振性质改变判断结合情况，无需标记物或染料，反应过程可实时监控，测定快速安全，可检测多种生物大分子之间的相互作用，应用领域广泛。但需要专门的检测仪器。
荧光能量转移技术利用荧光共振能量转移研究分子间距离及其相互作用，结合荧光显微镜可定量获取生物活体内多种分子的时空信息，具有定量测量方法简单快速、可实时定量测量效率和距离的优点，但要求发色基团的距离小于 100 埃，且设备昂贵。
抗体与蛋白质阵列技术利用微型化、集成化、高通量化的抗体芯片研究不同生理状态下蛋白水平的量变，部分已向临床应用发展并在多个领域得到应用。
免疫共沉淀技术在细胞裂解液中加入抗兴趣蛋白的抗体，孵育后加入与抗体特异结合的物质，分离出复合物，通过 Western blotting 法检测目的蛋白。其优点是得到的目的蛋白符合体内实际情况可信度高，实验条件温和，可避免人为影响，可分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物；缺点是可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用，两种蛋白质的结合可能不是直接结合，且必须在实验前预测目的蛋白，具有冒险性。
Pull-down 技术用固相化、已标记的饵蛋白从细胞裂解液中钓出与之相互作用的蛋白，确定蛋白间相互作用关系，包括细胞裂解液制备、以细胞裂解液和纯化蛋白为猎物的试验以及 SDS-PAGE 及蛋白组分分析。
此外，还有研究 DNA - 蛋白质相互作用的凝胶阻滞实验、DNase1 足迹实验、甲基化干扰实验、体内足迹实验、拉下实验等方法，以及研究蛋白质 / 核酸相互作用的核酸适体技术、生物信息学方法、蛋白质芯片技术以及纳米技术等新技术。总之，不同的蛋白质相互作用研究方法各有特点，科研人员应根据具体研究需求选择合适的方法。
