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lncRNA测序
简介
长链非编码RNA(longnoncodingRNA,lncRNA)是指长度在200~100000nt之间不具有蛋白编码功能的RNA分子。它们存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式，具有跨物种的低保守性，组织特异性表达和丰度低等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA，保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本，而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能机制主要包括参与转录调控、转录后调控、蛋白质运输和mRNA降解。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点，借助高通量测序，研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。
流程图
lncRNA测序
简介
长链非编码RNA(longnoncodingRNA,lncRNA)是指长度在200~100000nt之间不具有蛋白编码功能的RNA分子。它们存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式，具有跨物种的低保守性，组织特异性表达和丰度低等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA，保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本，而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能机制主要包括参与转录调控、转录后调控、蛋白质运输和mRNA降解。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点，借助高通量测序，研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。
流程图技术优势
1、信息完善：去rRNA的建库方法，使得一个文库可以同时进行lncRNA和mRNA的分析，节省了实验成本；
2、准确度高：链特异性建库方法，使得反义lncRNA的鉴定更加准确；
3、前瞻性好：能发现大量未知的lncRNA信息，适合各类物种的研究；
4、完整性：获取完整的lncRNA转录信息。
smallRNA测序
简介
smallRNA是生命活动重要的调控因子，在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用,包括miRNA、piRNA和siRNA，晶能生物公司可以提供各类smallRNA的测序服务。
1、miRNA:是一种长度为21～25nt的单链小分子RNA。它广泛存在于真核生物中，成熟的miRNA是由具发夹结构单链RNA前体（premiRNA）经过Dicer酶加工而成，主要通过与靶标基因不完全互补结合来调控靶基因的表达。miRNA在细胞发育、生物标志物、肿瘤等多个领域中有广泛的应用。
2、piRNA:是一类长度为26～31nt单链的小RNA，大部分集中在29～30nt。piRNA的表达具有组织特异性，只存在于具有全能性的动物细胞，如生殖细胞、肿瘤细胞和干细胞等。piRNA通过与Piwi亚家族蛋白结合形成piRNA复合物（piRC）来发挥生物学功能（沉默转录基因过程，维持生殖系和干细胞功能，调节翻译和mRNA的稳定性）。此外，piRNA在一些癌症细胞中存在异常表达的现象，提示piRNA可能参与癌症的发生，并可作为癌症诊断和治疗中的潜在生物标记物。
3、siRNA：内源性干扰小RNA（siRNA,SmallinterferingRNA），包括ta-siRNA、ra-siRNA和nat-siRNA。ta-siRNA：天然反义转录小干扰RNA，由TAS基因编码，miRNA剪切产生，21nt，作用机制类似于miRNA；ra-siRNA：由重复序列、转座子、异染色质产生，多为24nt；nat-siRNA：由天然反义转录本（序列与同区域互补链上基因的mRNA方向相反且发生部分重叠）产生。siRNA的功能主要与植物胁迫和生物发育相关。
流程图
技术优势
1、完整性好：一次实验可以同时检测多种smallRNA,信息来源于数据库同步；
2、可靠性强：高数据量保证不同丰度smallRNA都能准确定量；
3、前瞻性好：能发现未知的smallRNA信息，适合所有物种的研究。
环状RNA测序
简介
环状RNA测序是新兴的转录组测序技术。过去普遍认为细胞内的非编码RNA多以线型存在，近年来越来越多的研究发现，环状RNA在哺乳动物细胞内的表达量远高于普遍认识水平。环状RNA可以参与基因的表达调控，例如封闭miRNA的作用、调节本位基因的表达等，是长链非编码RNA研究中的一个新的研究热点。
流程图
技术优势
1、科学性好：已开发出可靠的环状RNA建库方法和可靠的环状RNA分析流程；
2、可靠性强：高数据量保证不同丰度环状RNA都能准确鉴定和定量；
3、前瞻性好：能发现大量新的环状RNA信息，适合多类物种的研究。
lncRNA 测序注意事项
样本处理：采集样本后迅速低温保存（-80℃），避免反复冻融导致 RNA 降解。提取时使用能富集长链 RNA 的试剂盒，确保 RNA 完整性（RIN 值≥7），同时去除 rRNA 以提高 lncRNA 检测效率，防止其对测序结果产生干扰。
测序策略：推荐采用转录组测序，选择 PE150 及以上的配对末端测序模式，保证序列拼接准确性。根据研究需求设定合适的测序深度，一般建议不低于 30M reads，以覆盖低表达 lncRNA；设置至少 3 次生物学重复，减少实验误差。
数据分析：使用专业数据库（如 LNCipedia、NONCODE）进行比对注释，采用 Cufflinks 等工具进行差异表达分析。由于 lncRNA 结构复杂，需注意区分真实转录本与背景噪音，可结合 qRT-PCR 等实验手段对关键结果进行验证，避免错误解读。
以上内容涵盖了 lncRNA 测序的关键要点。若你还想了解某一环节的详细操作步骤，或有其他需求，欢迎随时和我说。
